土壤中存在数量巨大、种类繁多的微生物，它们中的绝大部分是有益的，在土壤发育、物质转化、结构形成、提高作物养分有效性、抑制病原菌活性等方面发挥着不可替代的作用。但是，土壤中也存在着另一类引起作物病害的有害微生物，通称为土传病原微生物（soil-bornepathogens）。
由生活在土壤中或残留在土壤的病株残体中的病菌引起的作物病害统称为土传病（soil-bornediseases）。所以土壤微生物检测在农业生产中的很有必要性。
土传病是常见和严重的作物病害，是造成农药过量使用的主要原因。因此，亟需加大对土壤微生物中作物土传病原微生物的基础研究，摸清作物土传病原微生物现状，切断作物土传病原微生物传播扩散途径，采取测土施“药”等多种手段，有效遏制作物土传病害蔓延势头，为实现至2020年我国农药使用量零增长目标作出贡献。
传统的农业种植中，由于轮作、休耕、大量使用有机肥等措施，作物土传病害发生较少。近几十年来，随着农业现代化水平的提高，以高投入与高产出、种植品种单一、复种指数高和大量施肥施药等为特点的集约化种植已成为我国重要的农业生产模式。这一模式的不断推广与发展导致我国农田土壤的大面积退化，其表现为土壤酸化、次生盐渍化、养分失衡和土传病害频发，且退化面积逐年增加。