保护性杀菌剂：保护性杀菌剂主要作用方式是在施药后，在植物表面形成一层药膜，使病菌不能被侵染。
此类杀菌剂对气流传播病菌尤为有效，如用波尔多液防治多种作物的霜霉病；对植物种子或幼苗进行处理，可防治种传病害的侵染，如三唑酮拌种可防治禾谷类黑穗病；多菌灵浸蘸甘薯幼苗防治苗期病害；福美双、多菌灵土壤处理可防治多种作物的土传病害，如猝倒病和立枯病等。
铲除性杀菌剂：该类杀菌剂对病原菌有直接强烈杀伤作用，但在植物生长期植物不能忍受这类药剂，因此只能在播种前用于土壤的处理、植物休眠期或者种苗处理使用。
常见的有福尔马林消毒带菌种子，戊唑醇对小麦条锈病、白粉病使用方法得当有铲除作用。
治疗性杀菌剂：在植物感病以后，可用一些非内吸杀菌剂，如硫磺直接杀死病菌，或用具有内渗作用的杀菌剂，可渗入到植物组织内部，杀死病菌，或用内吸杀菌剂直接进入植物体内，随着植物体液运输传导而起治疗作用的杀菌剂。
常见的有多菌灵、托布津、春雷霉素、嘧菌酯百菌清等。