基因毒性物质是指能直接或间接损害DNA，导致基因突变或癌症的物质。基因毒性物质对DNA 的损害作用包括染色体断裂、DNA 重组、DNA 复制过程中共价键结合或插入，也包括通过激活细胞产生基因毒性物质而产生的突变。
随着基因毒性杂质法规逐步健全，药政官方对基因毒性杂质的监管要求越来越高。近些年，在产品的上市申请中，由于基因毒性杂质控制不合规而导致的缺陷越来越多。充分的基因毒性杂质研究已经成为产品能否上市的关键。
基因毒性杂质的分类一旦完成了结构评估，每个杂质应根据其基因毒性危害进行分类。Lutz Mueller 等确定的5 类分类方案已被广泛用于这个目的。此外，SAR 评估程序也是有缺陷的，采用SAR评估程序并不能全面覆盖所有基因毒性杂质。因此需要根据安全性测试(Ames 测试)，单独评估这些杂质。
如果杂质没有基因毒性标记，但在工艺中作为亲电试剂使用，仍需通过数据库查询确定其是否具有基因毒性，比如美国医学图书馆提供的TOXNET 数据库，可通过共同的门户网站来访问一系列数据库，如有害物质数据库(HazardousSubstances Databank，HSDB)、化学致癌作用研究信息系统(Chemical Carcinogenesis ResearchInformation System，CCRIS)和集成风险信息系统(Integrated Risk Information System，IRIS)等，提供了许多常见化学品的安全性数据。